加州鲈（大口黑鲈）鱼苗培育阶段的主要病虫害包括病毒性疾病（弹状病毒等）、细菌性疾病（肠炎、白皮等）和寄生虫疾病（车轮虫、指环虫等），目前针对以上病虫害主要采用“预防为主、防治并重”的措施。
一、弹状病毒病。发病水温一般为18–25℃，主要感染加州鲈幼鱼（2-6cm）；病鱼的典型临床症状为昏睡、螺旋式或不规则的游泳、腹部肿胀，有的病鱼可见身体消瘦甚至出现弯曲；解剖发现鳃发白，肝脏肿大并可伴有出血点。
防治方法：（1）彻底清塘消毒、水源消毒；（2）购买优质苗种（亲鱼、苗种病毒检测）；（3）保持良好稳定的水质环境，减少应激反应；（4）采用温和的消毒药物消毒，控制细菌继发感染；（5）投喂杜仲叶提取物等免疫增强剂，增强鱼体抵抗力。
二、细菌性肠炎。病鱼腹部膨大、肛门红肿，整个腹部至下颌部位暗红色，重症病鱼轻压腹部可见从肛门流出的淡黄色腹水。主要原因是投喂的饲料变质或不洁引起，所以成急性发病，危害较大。
防治方法：（1）杜绝投喂变质或不洁净的饲料；（2）定期在饵料中添加胆汁酸和乐畅加以预防；（3）发病时，用胆汁酸、乐畅等拌饲料投喂，连续４-５天，可收到良好效果。
三、细菌性白皮。早春时流行，发病水温20℃左右，主要感染加州鲈幼鱼（2-10cm），传染性强，发病死亡率高。
防治方法：（1）彻底清塘消毒、水源消毒；（2）投喂优质饵料，提高鱼体抵抗力；（3）保持良好稳定的水质环境和溶氧量；（4）外用杀菌消毒药物；（5）内服乐畅。
四、车轮虫。主要寄生在鱼鳃，虫体大量繁殖时对鱼苗和鱼种危害很大，若不及时治疗，就会造成大批死亡。
防治方法：（1）鱼苗、鱼种放养前，用生石灰和漂白粉彻底消毒池塘；（2）苗种放养前，用3-5%的食盐水(千克水加3-5千克食盐)溶液浸泡5-10分钟；（3）定期拌料内服乐畅，一个月2到3次，一次5到7天；（4）0.7ppm的硫酸铜和硫酸亚铁（5:2）合剂全池泼洒；（5）每亩每米水深用新鲜苦楝树叶35千克煮水全池泼洒。
五、指环虫。主要寄生在鱼鳃，亦可寄生在体表，取鱼鳃或体表粘液镜检，可见大量寄生虫；影响呼吸，还可造成寄生部位损伤引起继发感染。
防治方法：（1）鱼苗放种时，用高锰酸钾（10-20克/立方米）浸浴（15-25分钟）后下塘；（2）定期拌料内服乐畅，一个月2到3次，一次5到7天。